Para ello tendrás que borrar el directorio httpdocs del dominio y convertirlo en un enlace simbólico (el equivalente a un acceso directo) al directorio que quieres que lea. Esto has de hacerlo como root.
Como Plesk modifica los archivos de configuración de apache automáticamente, no es bueno hacer cambios de apache, como cambiar el open_basedir o configurar webdav para un subversion, usando los archivos de configuración que encuentres ya creados.
Si tienes que migrar algunos dominios de un servidor que tenga Plesk 8.x a otro con Plesk 9.x necesitarás un pequeño paso intermedio a la hora de convertir los backups, es fácil pero has de seguir estos pasos:
Si usas Plesk y quieres un listado de todos tus dominios y la IP que utilizan, sólo tienes que ejecutar esta consulta desde un cliente MySQL con un usuario que tenga permisos (de lectura como mínimo) a la base de datos psa (es la base de datos interna de Plesk), por ejemplo, usa como usuario las mismas credenciales que tu “superadmin” de Plesk.
Para hacer esto de la manera más sencilla debes tener acceso para crear un archivo con nombre .htaccess en la raiz de tu carpeta pública de apache (/var/www/vhosts/dominio.com/httpdocs). Esto es lo más normal porque puedes subirlo perfectamente por FTP.